atlas issueshttps://gitlab.math.unistra.fr/groups/atlas/-/issues2017-10-26T14:17:43Zhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/9Allow to attach process with gdb2017-10-26T14:17:43ZRomain HildAllow to attach process with gdbSince DDT is not anymore available, it would be useful to be able to use gdb to attach to a process with `gdb --pid 1234`.
But I have the following error when trying to do it:
```
Could not attach to process. If your uid matches the uid...Since DDT is not anymore available, it would be useful to be able to use gdb to attach to a process with `gdb --pid 1234`.
But I have the following error when trying to do it:
```
Could not attach to process. If your uid matches the uid of the target
process, check the setting of /proc/sys/kernel/yama/ptrace_scope, or try
again as the root user. For more details, see /etc/sysctl.d/10-ptrace.conf
```
Apparently, it can be changed:
https://askubuntu.com/questions/41629/after-upgrade-gdb-wont-attach-to-process
Is it possible?Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/7Erreur de compilation avec boost2017-09-13T08:15:13ZRomain HildErreur de compilation avec boostEn utilisant boost/1.61/gcc-6.1.0, j'ai l'erreur de compilation suivante:
```
In file included from /usr/include/boost/serialization/extended_type_info_typeid.hpp:32:
/data/software/install/boost/1.61/gcc-6.1.0/openmpi-1.10.2/include/boo...En utilisant boost/1.61/gcc-6.1.0, j'ai l'erreur de compilation suivante:
```
In file included from /usr/include/boost/serialization/extended_type_info_typeid.hpp:32:
/data/software/install/boost/1.61/gcc-6.1.0/openmpi-1.10.2/include/boost/serialization/singleton.hpp:90:5: error: unknown type name 'BOOST_SERIALIZATION_DECL'
BOOST_SERIALIZATION_DECL static void lock();
^
```
En faisant un grep sur `BOOST_SERIALIZATION_DECL` dans /data/softwares/install/boost/1.61/gcc-5.3.0 je trouve des déclarations qui ne sont pas présente dans le répertoire gcc-6.1.0. Ces déclarations se trouve dans le fichier `/data/software/install/boost/1.61/gcc-5.3.0/openmpi-1.10.2/include/boost/serialization/config.hpp`
Est-ce que c'est possible que la remise en place de /data ne soit pas encore complète et qu'il faut que j'attende encore ?
Ou est-ce que c'est autre chose ?https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/8Add scipy and matplotlib for python 2.7.x2017-09-12T13:06:26ZPierre GerhardAdd scipy and matplotlib for python 2.7.xHello All,
Can you please add scipy and matplotlib modules for pythons 2.7.x. They only appear for python3.
Thanks in advance
Pierre GerhardHello All,
Can you please add scipy and matplotlib modules for pythons 2.7.x. They only appear for python3.
Thanks in advance
Pierre Gerhardhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/6Problème avec le module ParaView/5.1.0_gcc610_ompi11022017-08-16T08:32:59ZFrançois Der HovsepianProblème avec le module ParaView/5.1.0_gcc610_ompi1102Bonjour,
je crois qu'il y a un problème avec le module `ParaView/5.1.0_gcc610_ompi1102`, qui fait partie du profile `gcc610.profile` (lui même inclus dans le profile `feelpp-clang_gcc610.profile`). En effet,
```
> module show ParaView/...Bonjour,
je crois qu'il y a un problème avec le module `ParaView/5.1.0_gcc610_ompi1102`, qui fait partie du profile `gcc610.profile` (lui même inclus dans le profile `feelpp-clang_gcc610.profile`). En effet,
```
> module show ParaView/5.1.0_gcc610_ompi1102
-------------------------------------------------------------------
/data/software/config/modules/files/tools/ParaView/5.1.0_gcc610_ompi1102:
module-whatis Loads ParaView 5.1.0 and its environment
prepend-path CMAKE_PREFIX_PATH /data/software/install/ParaView/5.1.0/gcc-6.1.0/openmpi-1.10.2
[...]
```
Or le chemin `/data/software/install/ParaView/5.1.0/gcc-6.1.0` n'existe pas:
```
> ls /data/software/install/ParaView/5.1.0/gcc-6.1.0
ls: cannot access /data/software/install/ParaView/5.1.0/gcc-6.1.0: No such file or directory
```
et en remontant d'un niveau:
```
> ls /data/software/install/ParaView/5.1.0/
gcc-4.9.0 gcc-5.3.0
```
Cordialement,
François.https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/4MPICH2017-07-17T14:55:06ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMPICHDemande de @massaro :
> Y a t-il un module dans atlas dans lequel je pourrais trouver MPICH ou serait-il possible de l'installer ?Demande de @massaro :
> Y a t-il un module dans atlas dans lequel je pourrais trouver MPICH ou serait-il possible de l'installer ?Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/5Compilation avec OpenCL2017-04-12T18:18:39ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frCompilation avec OpenCLRelevé par Pierre Gerhard <gerhard@math.unistra.fr>
`module load schnaps-fxt.profile`
Résultat du cmake ..
```
- ##############################################
-- #### ...Relevé par Pierre Gerhard <gerhard@math.unistra.fr>
`module load schnaps-fxt.profile`
Résultat du cmake ..
```
- ##############################################
-- ####
-- #### CMAKE_BUILD_TYPE : Release
-- #### -std=gnu99 -D_SCHNAPS_DIR=/home/u2/gerhard/schnaps2/schnaps/old_schnaps -O3 -Werror -Wno-deprecated-declarations -D_WITH_OPENCL -D_WITH_STARPU -D_WITH_UMFPACK -D_WITH_FLANN
-- #### SuiteSparse Found : ON
-- #### OpenCl Found : TRUE
-- #### StarPU Found : TRUE
-- #### igraph Found : TRUE
-- #### GC USE : OFF
-- ####
-- ############################################################
-- Configuring done
```
make -> Echec compilation lors du linkage :
```
[ 34%] Linking C executable test/testumfpac
/usr/bin/ld : ne peut trouver -lOpenCL
/usr/bin/ld : ne peut trouver -lOpenCL
collect2: error: ld returned 1 exit status
[ 35%] Linking C executable example/testmhd
make[2]: *** [test/testumfpack] Erreur 1
make[1]: *** [CMakeFiles/testumfpack.dir/all] Erreur 2
make[1]: *** Attente des tâches non terminées..
mêmes erreurs répétées pour toute la suite
```Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/2paquet "ninja-build"2017-03-25T17:36:17ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frpaquet "ninja-build"Demande de @dolleDemande de @dollehttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/3ajouter un module pour cling2017-03-25T17:36:17ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frajouter un module pour clingDemande de @dolle
Pour le compiler, il suffit de lancer le script buildscript de la page officielle : https://root.cern.ch/cling-build-instructionsDemande de @dolle
Pour le compiler, il suffit de lancer le script buildscript de la page officielle : https://root.cern.ch/cling-build-instructions