New job offer job_6e2366d82a4966bcc116ae3e85e3b93e
Title: Ingénieur développement logiciel (génie logiciel, parallélisme). Algorithmes de génomique sur une architecture « Processing-in-Memory ».
Date: 2021-11-16 13:32
Slug: job_6e2366d82a4966bcc116ae3e85e3b93e
Category: job
Authors: Charles Deltel
Email: charles.deltel@inria.fr
Job_Type: CDD
Tags: cdd
Template: job_offer
Job_Location: IRISA, Rennes
Job_Duration: 3 ans
Job_Website: https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR6074-DOMLAV-003/Default.aspx
Job_Employer: CNRS
Expiration_Date: 2021-12-10
Attachment:
Missions
La mission de l'ingénieur d'études s'inscrit dans le cadre d'un projet de recherche, le projet GenoPIM, financé par l'ANR, et qui démarrera en janvier 2022. Ce projet a pour objectif de paralléliser et d'évaluer des algorithmes du domaine de la génomique sur une architecture de type « Processing-in-Memory » (PIM). L'architecture matérielle s'appuie sur une nouvelle mémoire DRAM développée par la société UPMEM (partenaire du projet) permettant de créer des barrettes mémoire de 16 Go qui intègrent en leur sein 256 micro-processeurs. Plus spécifiquement, la mission sera de développer une bibliothèque logicielle robuste issue des prototypes logiciels et des algorithmes parallèles expérimentés dans le cadre de ce projet.
Activités
• Développer une librairie logicielle à partir de prototypes de recherche
• Élaborer et mettre en œuvre la stratégie de test et d'intégration continue de cette librairie
• Rendre cette librairie accessible à la communauté scientifique
• Gérer l'évolution de la librairie (suivi des versions, releases, packaging)
• Documenter la librairie
Compétences
Connaissances
• Langage de programmation : C, C++, Python
• Méthodologies de test et d'intégration continue
• Parallélisme
• Anglais technique
Niveau de formation
• Ingénieur, Master
Domaine de formation
• Informatique, Génie logiciel
NB : des connaissances en génomique ne sont pas requises
Contexte de travail
L'IRISA (Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires) est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (+ de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des nouvelles technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, le laboratoire constitue un pôle de recherche d'excellence avec des priorités scientifiques telles que : la bio-informatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des masses de données et l'intelligence artificielle.
Le candidat sera rattaché à l'équipe GenScale, IRISA, Beaulieu, Rennes.
GenScale est une équipe de recherche en bioinformatique. Son objectif principal est de développer des méthodes, des outils et des logiciels évolutifs pour le traitement des données génomiques. Les recherches sont motivées par le développement rapide des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) et de troisième génération (TGS) qui posent des problèmes très difficiles tant en termes de bioinformatique que d'informatique.