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Title: Ingénieur·e en bioinformatique
Date: 2022-02-16 09:19
Slug: job_9e1239ed889ef41c9516cba38add4dfa
Category: job
Authors: Jessica Andreani
Email: jessica.andreani@cea.fr
Job_Type: CDD
Tags: cdd
Template: job_offer
Job_Location: Saclay
Job_Duration: 12 mois (éventuellement renouvelable)
Job_Website: https://bit.ly/3JkoHkS
Job_Employer: CNRS
Expiration_Date: 2022-05-11
Attachment:
**Missions**
L'ingénieur d'étude sera associé à un projet qui vise à analyser et prédire les réseaux d'interactions protéine-ARN en couplant des informations structurales et « omiques ».
L'agent aura pour première mission de réaliser le recueil, la gestion et le traitement de données « omiques » (données publiques disponibles concernant les interactions protéine-ARN). Cette mission impliquera en particulier l'analyse des ressources disponibles par une veille technologique et bibliographique, la cartographie des données et leur croisement, et la mise en relation de ces données avec des données de structure 3D recueillies et analysées par d'autres membres de l'équipe. Les approches à utiliser ainsi que le plan d'étude et la structure des bases de données attendues seront définis à l'avance au sein de l'équipe.
L'agent aura également pour mission d'assister l'équipe pour la mise en forme et le stockage de ces données, la maintenance des bases de données associées, l'adaptation des programmes informatiques nécessaires au déroulement du projet, et la diffusion et la valorisation des résultats obtenus sous la forme de code partagé, de bases de données ouvertes et de ressources (de type serveur web) disponibles sur internet pour la communauté. Les modèles mathématiques, les programmes informatiques à utiliser et la structure des outils seront définis à l'avance au sein de l'équipe.
**Activités**
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil des données
- Réaliser le traitement des données
- Organiser la mise en forme, le stockage des données
- Assurer la maintenance des bases de données créées
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
**Compétences**
Connaissances
- Recueil, analyse et traitement des données « omiques » (génomique, transcriptomique, interactomique) concernant les interactions protéine-ARN (connaissance approfondie)
- Biologie des interactions macromoléculaires (connaissance générale)
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Compétences opérationnelles
- Traiter des données, en particulier par le développement de scripts permettant de mettre en œuvre une succession d'opérations de traitement
- Maîtrise approfondie de Python et de bash ; maîtrise des techniques de mise en œuvre de calculs dans un environnement de calcul partagé (cluster de calcul), des outils de gestion de bases de données (de type SQL) et d'outils de développement web (de type JavaScript, PHP)
- Interagir avec des biologistes et des informaticiens
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Transmettre des connaissances
**Contexte de travail**
L'ingénieur(e) d'étude sera affecté(e) dans l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR 9198 I2BC, CNRS/CEA/Université Paris-Saclay).
L'I2BC est un institut de recherche de l'Université Paris-Saclay, constitué de 62 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellulaire, microbiologie, virologie, bio-informatique). L'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome », rattachée au département de Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale, s'appuie sur un couplage fort entre approches bio-informatiques et expérimentales pour caractériser, prédire et inhiber les assemblages macromoléculaires. L'équipe est localisée au sud de Paris ; elle se trouve pour l'instant sur le centre CEA de Saclay et doit rejoindre bientôt le campus de Gif-sur-Yvette (à moins d'une heure du centre de Paris).
L'équipe a développé ces dernières années des approches originales pour la prédiction structurale des interactions entre protéines en utilisant l'information issue de l'évolution (Andreani et al. Bioinformatics 2013 ; Yu et al. Nucleic Acids Res 2016, Proteins 2017 ; Quignot et al. Nucleic Acids Res 2018, 2021 et Bioinformatics 2021) et possède donc une expertise dans le domaine de la bio-informatique structurale, de la prédiction d'interactions macromoléculaires et de l'intégration de données hétérogènes. Par ailleurs, l'équipe a récemment publié une étude des mécanismes de terminaison de la transcription par l'analyse de données de génomique fonctionnelle et de transcriptomique (Baejen, Andreani et al. Mol Cell 2017).
L'IE travaillera directement avec une chercheuse et une doctorante de l'équipe. L'IE bénéficiera d'un environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l'expertise de l'équipe et d'un accès aux moyens de calcul nécessaires pour mener à bien le projet. Le contrat débutera en 2022 pour 12 mois (éventuellement renouvelable en fonction de l'avancée du projet).
**Informations générales**
Lieu de travail : SACLAY
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2022 (flexible)
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2172€ et 2293€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
**Candidater via le Portail Emploi CNRS** https://bit.ly/3JkoHkS
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