@@ -143,4 +143,3 @@ et cliquer sur __Ajouter un élément__
Il est demandé d'importer un fichier que le site canal-u.tv réencode en `mp4` après téléversement (attendre le message de confirmation du réencodage pour basculer la vidéo en mode visible à tous).
Jean-Philip Piquemal présentera le logiciel Tinker-HP qui offre un environnement de calcul haute performance pour la modélisation de systèmes complexes de millions d'atomes. Il s'agit d'un outil extrêmement rapide pour réaliser les simulations de dynamique moléculaire qui permettent de comprendre les mécanismes d'infection virale et notamment ceux du COVID-19. Ce logiciel, écrit en Fortran, est massivement parallèle et capable d'exploiter les architectures GPU. Pour plus d'informations, allez sur le site http://tinker-hp.ip2ct.upmc.fr
Cette présentation d'une durée de 30-40 minutes sera suivie d'une séance de questions.
Cette présentation sera accessible aux non-chimistes et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice. Pour des raisons techniques nous sommes obligés de limiter le nombre de participants et nous vous demandons de bien vouloir vous inscrire.
Cette présentation est accessible aux non-chimistes.
@@ -20,9 +20,8 @@ Outil de placement de processus Placement
Placement est préconfiguré pour utilisation avec SLURM, mais il est simple de l'adapter à un autre gestionnaire de travaux, et on peut même l'utiliser sur un serveur en mode interactif. Il peut être installé sans avoir les droits root.
La présentation durera 30-40 minutes et sera suivie d'une séance de questions.
Elle est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice (https://greenlight.lal.cloud.math.cnrs.fr/b/ann-caa-d79). Pour des raisons techniques nous sommes obligés de limiter le nombre de participants et nous vous demandons de bien vouloir vous inscrire.
@@ -24,10 +24,6 @@ Installer et utiliser des gitlab runners
Les démonstrations seront faites sur le serveur gitlab de CY Cergy Paris Université.
La présentation durera 30-40 minutes et sera suivie d'une séance de questions.
Elle est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice. Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session. Cette session sera enregistrée. S'inscrire implique d'accepter ce principe.
@@ -20,10 +20,8 @@ Calcul parallèle et éléments finis
Le but de la présentation est de montrer que le calcul scientifique parallèle est de plus en plus accessible à tous les utilisateurs. Cela est dû à la conjonction de la disponibilité grandissante des moyens de calcul parallèle et à l’intégration dans les codes de calcul des algorithmes parallèles de type distribué via la librairie MPI. Le tout sera illustré sur le logiciel libre FreeFem (https://freefem.org/). On verra qu’il est possible de mener des simulations parallèles en ayant simplement ”conscience” de travailler dans un environnement parallèle mais sans avoir besoin d’écrire des instructions MPI.
La présentation durera 30-40 minutes et sera suivie d'une séance de questions.
La présentation dure 30-40 minutes et est suivie d'une séance de questions.
Elle est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice. Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session.
@@ -24,10 +24,6 @@ FPGA : un nouveau type d'accélérateur pour le calcul ?
Ce café propose de présenter ce nouveau type d'accélérateur et son utilisation dans le domaine du calcul avec l'implémentation de plusieurs noyaux de calcul issus d'un code de production de dynamique moléculaire en utilisant le modèle de programmation Maxeler MaxJ. Les résultats obtenus en terme de temps et d'énergie seront comparés aux implémentations CPU et GPU de ces mêmes noyaux.
La présentation durera 30-40 minutes et sera suivie d'une séance de questions.
Elle est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice. Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session.
La formation pourra accueillir ``25 participants``, les organisateurs se laissent la possibilité d'opérer une sélection en fonction des renseignements portés sur la fiche d’inscription. Vos motivations, votre projet, la thématique sur lequel vous travaillez, votre expérience en programmation dans d'autres langages sont les critères qui seront pris en compte lors de l'évaluation des candidatures. Avoir un projet de développement en Julia est un plus, les experts présents durant la formation pourront y consacrer du temps.
La formation pourra accueillir ``26 participants``, les organisateurs se laissent la possibilité d'opérer une sélection en fonction des renseignements portés sur la fiche d’inscription. Vos motivations, votre projet, la thématique sur lequel vous travaillez, votre expérience en programmation dans d'autres langages sont les critères qui seront pris en compte lors de l'évaluation des candidatures. Avoir un projet de développement en Julia est un plus, les experts présents durant la formation pourront y consacrer du temps.
La formation ne sera pas filmée et les supports seront accessibles uniquement aux inscrit·e·s.
Date limite de pré-inscription : **11/06/2021**
La réponse vous parviendra courant juin. Votre inscription suppose que vous êtes pleinement disponibles durant la période de formation du **13 au 17 septembre inclus**. Nous comptons sur votre bienveillance pour limiter au maximum les annulations tardives. Nous allons mettre en place une liste d'attente.
Découverte des bases de Julia : workflow, variables et portée, fonctions et méthodes, types, structuration de code, multiple dispatch
.. day:: 14-09-2021
.. event:: Les bases de Julia - Partie II
:begin: 09:00
:end: 12:30
:speaker: François Févotte, Laurent Plagne
Découverte des bases de Julia : workflow, variables et portée, fonctions et méthodes, types, structuration de code, multiple dispatch
.. break_event:: Déjeuner
:begin: 12:30
:end: 14:00
.. event:: Mise en pratique - Partie I
:begin: 14:00
:end: 18:00
:speaker: François Févotte, Laurent Plagne
Utilisation des concepts introduits dans la première partie del'ANF en construisant et en améliorant au fur et à mesure un code de détection de collision de forme.
.. day:: 15-09-2021
.. event:: Mise en pratique - Partie II
:begin: 09:00
:end: 12:30
:speaker: François Févotte, Laurent Plagne
Utilisation des concepts introduits dans la première partie del'ANF en construisant et en améliorant au fur et à mesure un code de détection de collision de forme.
.. break_event:: Déjeuner
:begin: 12:30
:end: 14:00
.. day:: 16-09-2021
.. event:: Optimisation de code - Partie I
:begin: 09:00
:end: 12:30
:speaker: François Févotte, Laurent Plagne
Mesure et analyse des performances, Correction des instabilités de type, Parallélisme distribué et partagé, Vectorisation en Julia (SIMD), Programmation sur GPU en Julia
.. break_event:: Déjeuner
:begin: 12:30
:end: 14:00
.. event:: Optimisation de code - Partie II
:begin: 14:00
:end: 18:00
:speaker: François Févotte, Laurent Plagne
Mesure et analyse des performances, Correction des instabilités de type, Parallélisme distribué et partagé, Vectorisation en Julia (SIMD), Programmation sur GPU en Julia
Pythran est un compilateur pour noyaux scientifiques de haut (ou bas) niveau écrits en Python. Basiquement, il prend en entrée du code Python dont les points d'entrées ont reçu quelques commentaires pour l'inférence de type, et il le transforme en code natif, enlevant l'étape d'interprétation après avoir appliqué plusieurs optimisations de haut niveau.
Pythran peut être utilisé dans un notebook, à travers distutils ou en ligne de commande. Il est utilisé dans le projet Scipy pour accéler certains noyaux de calcul.
Pythran peut être utilisé dans un notebook, à travers distutils ou en ligne de commande. Il est utilisé dans le projet Scipy pour accélérer certains noyaux de calcul.
Cette présentation explicitera les différents cas d'usage, le système d'annotation de Pythran, le support de la vectorisation et le support d'OpenMP.
Cette présentation explicite les différents cas d'usage, le système d'annotation de Pythran, le support de la vectorisation et le support d'OpenMP.
La présentation durera 30-40 minutes et sera suivie d'une séance de questions.
Elle est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice. Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session.
:summary: Kokkos est un modèle de programmation en C++ pour l'écriture d'applications, portables en termes de performances, ciblant toutes les plateformes HPC. Il fournit des abstractions pour l'exécution parallèle du code et pour la gestion des données.
.. contents::
.. section:: Description
:class: description
Pierre Kestener du CEA présentera Kokkos dans ce Café.
Kokkos est un modèle de programmation en C++ pour l'écriture d'applications, portables en termes de performances, ciblant toutes les plateformes HPC. Il fournit des abstractions pour l'exécution parallèle du code et pour la gestion des données. L'idée est de séparer au maximum l'écriture de la méthode numérique de son implémentation réelle pour telle ou telle architecture matérielle. Kokkos est conçu pour cibler des architectures complexes avec plusieurs types de ressources d'exécution: CPU multicoeurs ou GPU.
Pour ce Café Questions-Réponses, nous accueillons `Remi Vezy <https://www.remivezy.com>`_, chercheur en modélisation
de l'architecture des plantes et des végétations au CIRAD. Il nous parlera de son
utilisation de Julia. Il développe actuellement deux packages `PlantBiophysics.jl <https://github.com/VEZY/PlantBiophysics.jl>`_ et `MTG.jl <https://github.com/VEZY/MTG.jl>`_.
Il est aussi l'auteur de vidéos d'introduction au langage disponibles sur sa chaine `Youtube <https://youtu.be/ZZJJgQ2IzQQ>`_.
Il fera une démonstration de l'utilisation d'un notebook interactif `Pluto <https://github.com/fonsp/Pluto.jl>`_.
Remi est également un développeur R et cette séance est l'occasion pour les
utilisateurs R, curieux de découvrir Julia, de lui poser des questions.
Les questions peuvent être posées sur https://app.meet.ps/attendee/groupecalcul.
Cette session est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice.
Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session. Cette session sera enregistrée.
S'inscrire implique d'accepter ce principe.
.. section:: Invité
:class: orateur
- Rémi Vezy : CIRAD (L'organisme français de recherche agronomique et de coopération internationale pour le développement durable des régions tropicales et méditerranéennes).
Pour ce café, nous avons invité `Pascal Havé <https://www.haveneer.com>`_, consultant en développement logiciel. Pascal a une grande expérience du calcul scientifique acquise à IFP Energies nouvelles et au CEA. Il nous parlera de Rust dont la `version 2021 <https://blog.rust-lang.org/2021/10/21/Rust-1.56.0.html>`_ est sortie récemment.
Rust est un nouveau langage de programmation, lancé en 2010 par la fondation Mozilla, dont la syntaxe et les cibles d'usage sont très proches de C++.
Par rapport à ce dernier, il améliore notamment la gestion de la mémoire. C’est un langage bas-niveau performant, particulièrement bien adapté pour la programmation multithread. C’est un candidat sérieux à envisager pour un projet de développement en calcul scientifique.
L'outil "cargo" accompagne Rust et lui fournit à la fois une chaîne de compilation multi-plateforme, et un gestionnaire de packages dans la veine de npm ou pip. Ce qui en fait également un atout pour la diffusion et le partage des nombreuses bibliothèques déjà disponibles.
Cette session est accessible à tous et aura lieu sur la plateforme BBB de Mathrice.
Merci de bien vouloir vous inscrire pour suivre cette session. Celle-ci sera enregistrée. S'inscrire implique d'accepter ce principe.
.. section:: Invité
:class: orateur
- Pascal Havé : Docteur en Mathématiques et consultant/formateur en techniques de développement logiciel.
Face à l’explosion du monde du numérique, et notamment l’intégration de l’Intelligence Artificielle et du Big Data, le processus de soins et de prise en charge du patient doit être repensé. L’émergence de ces technologies rend en effet possible l’amélioration de la conception des nouveaux projets de santé, l’optimisation du parcours de soin au sein de structures hospitalières ainsi que le développement de nouveaux dispositifs médicaux innovants, connectés et adaptés permettant ainsi un meilleur suivi des pathologies chroniques.
Dans ce cadre, la Direction R&I France, entité de recherche interne du groupe Altran, mène le projet PACIFIC (PAtient Centered Innovations For the Improvement of Care). Ce projet vise à développer un vaste ensemble d’algorithmes d’analyse de données et de Machine Learning pour le domaine de la santé, allant du Process Mining, l’analyse de Séries Temporelles, au Text Mining.
**Mission :**
La mission consiste à mettre en place un ensemble d’outils de Natural Language Understanding (NLU) permettant la reconnaissance automatique d’informations contenues dans du texte. Ce projet sera basé sur un corpus de textes issus d’un environnement médical, et servira à renforcer les modèles de Natural Language Processing (NLP) déjà développés sur ce cas d’usage au sein de la Direction R&I d’Altran dans le cadre du projet PACIFIC.
Le stage s'organisera de la manière suivante :
- Modélisation du problème (notions de graphes de connaissance, ontologies, reconnaissance d’entités nommées, extractions de relations)
- Elaboration d’un état de l’art basé sur la littérature scientifique et les solutions open-source existantes
- Test de solutions existantes sur le corpus proposé
- Recherche et implémentation de nouveaux algorithmes
- Comparaison des performances sur le corpus proposé
- Communication interne d’une synthèse de cette étude
**Profil :**
- Formation ingénieur / master avec spécialisation en Data Science, Statistiques, Informatique
- Intérêt pour la R&D, autonomie technique et esprit d'initiative
- Connaissance en Machine Learning, Deep Learning et en développement en langage Python (Scikitlearn, Pytorch)
Quiet-Oceans supports the maritime industry, government organizations and research centres in the assessment of underwater noise impacts and risks on marine fauna, the definition and implementation of monitoring and mapping solutions for decision aid to reduce and control environmental risks. Quiet-Oceans engineers and scientists have extensive experience withmajor players in themaritime world, giving Quiet-Oceans national and international notoriety.
Present in France and abroad, Quiet-Oceans carries out in particular environmental impact studies, monitoring programs, develops and implements the operational noise mapping and monitoring service Quonops Online Services (QOS) - <https://qos.quiet-oceans.com> -, organizes oceano-acoustic measurement campaigns and participates in European research projects.
**Job profile:**
The position is located in the "Data and IT" department of Quiet-Oceans, which is in charge of defining the architecture, developing and maintaining the QOS service, as well as managing and optimizing large flows of incoming and outgoing digital data.
**Candidate profile:**
Enthusiastic, motivated and rigorous, you work as a team within the department to collaborate on department projects. You co-build the solutions with the scientific team of the "Acoustics and Bioacoustics" department and with the "Instrumentation and Measurements" department teams to specify their needs and participate in the development of software platforms.
You are familiar with software development andWeb and Big Data technologies, and have a marked attraction for digital innovation. Curious.se, you do not hesitate to propose innovative technical solutions to fulfil the requirements expressed by the different teams.
As part of a team, you actively participate in the specification, development, testing and integration phases according to internal processes in force at Quiet-Oceans.
Pro-active and autonomous, you bring your vision on the evolution of digital technologies and IT architecture to Quiet-Oceans. You take charge of process improvement phases through regular and detailed reporting.
Rigorous, you apply the Quality procedures in terms of document rendering and software development.
Among your activities, you will be responsible for:
- software development,
- creating and maintaining test procedures in a continuous integration framework,
- documentary writing of the functionalities and systems implemented,
- participation in the reflection on the architecture of Quiet-Oceans IT systems and services,
- participation in the maintenance and support of the internal and external IT infrastructure of Quiet-Oceans, i.e. management systems, backup systems, data flow management, tools for analysing these flows, etc.
**Education and experience**
With a bachelor, master, engineer or doctorate in computer science, you ideally have a first experience in software development and have already collaborated on IT projects. Knowledge of system architecture will be appreciated. You have an ease and a strong aptitude for teamwork. Fluent English imperative.
The technological environment concerned:
- Web development - django (python), vuejs (typescript),
- Containerization and cloud services - docker and kubernetes,
- Languages: python, C ++,
- Databases - postgresql,
- System architecture,
- Embedded developments.
**Contract :**
Full-time permanent contract.
**Remuneration:**
Depending on experience.
**Availability:**
As soon as possible.
**Location :**
Brest (France), occasional trips to France and abroad.
L’objectif de l’étude est de mieux comprendre les mécanismes d’instabilités d’un écoulement en sens pompe et d’identifier les paramètres d’influence, avec l’objectif à terme de pouvoir contrôler ces instabilités.
Afin d’atteindre cet objectif, un premier enjeu est d’évaluer la pertinence des approches de simulations. En effet, les approches statistiques conventionnelles peuvent faillir pour des écoulements fortement instables et instationnaires tels que ceux des régimes de fonctionnement visés. Elles proposent de ne simuler explicitement que le champ moyen de l’écoulement et de modéliser l’ensemble des fluctuations induites par la nature turbulente de l’écoulement. Une alternative est de réaliser des simulations dites des grandes échelles (SGE). Cette approche permet de simuler explicitement une partie des fluctuations induites par la turbulence et de ne modéliser que les fluctuations se développant aux plus petites échelles. Cela permet une description des instabilités hydrodynamiques les plus influentes de l’écoulement. Dans un contexte de calcul de haute performance (CHP), le développement des puissances de calcul au niveau national permet désormais d’envisager de telles simulations dans des configurations industrielles complexes. Pour cela, l’équipe MOST participe aux développements du code communautaire YALES2 (<https://www.coria-cfd.fr/index.php/YALES2>).
Deux principaux axes seront ainsi suivis durant cette thèse :
1. Il s’agira d’abord de repartir de la configuration simplifiée précédemment évoquée afin
d’approfondir l’analyse du développement des instabilités hydrodynamiques, et d’identifier les paramètres d’influences. Cette configuration sera ensuite complexifiée, étape par étape, pour la faire tendre vers une configuration réelle et ainsi pouvoir évaluer la pertinence des analyses des configurations simplifiées.
2. Parallèlement, une configuration de turbine-pompe réelle et complète (documentée dans la littérature) sera considérée afin d’évaluer la pertinence des approches numériques actuelles. Cela permettra de faire un état des lieux objectif des outils de simulations et d’ainsi identifier les verrous pour une prédiction numérique plus précise. Cette référence pourra ainsi être utilisée pour appliquer les développements qui seront réalisés par l’équipe de développement de YALES2 parallèlement à la thèse.
