Commit 98431c54 authored by Matthieu Boileau's avatar Matthieu Boileau
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:title: ANF "Boîtes à outil éléments finis open source"
:date: 2016-10-19 23:11:36
:modified: 2016-10-19 23:11:36
:category: evt_sci
:tags: ['article']
:category: formation
:tags: ['réseau']
:slug: ecole_eltsfinis_2017
:place: Paris
:start_date: 2017-01-24
......
:title: École Thématique GEOMDATA
:date: 2018-03-25 20:20:43
:modified: 2018-03-25 20:20:43
:category: evt_sci
:tags: ['article']
:category: fromation
:tags: ['gdr']
:slug: ecole_geomdata_2018
:place: Fréjus
:start_date: 2018-09-10
......
:title: Ecole "précision et reproductibilité en calcul numérique"
:date: 2014-11-05 15:53:49
:modified: 2014-11-05 15:53:49
:category: evt_sci
:tags: ['rubrique']
:category: formation
:tags: ['gdr']
:place: Fréjus
:slug: ecole_precision_2014
:start_date: 2013-03-25
......
:title: Méthodes multirésolution et méthodes de raffinement adaptatif de maillage
:date: 2010-02-18 10:36:59
:modified: 2010-02-18 10:36:59
:category: evt_sci
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:category: journee
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:slug: journee-multiresolution-2010
:authors: Loïc Gouarin
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:start_date: 2010-06-14
:end_date: 2010-06-18
:place: Fréjus
:attendees: 0
:start_date: 2010-06-14
......
:title: Journée problème de Poisson
:date: 2014-12-16 14:41:41
:modified: 2014-12-16 14:41:41
:category: evt_sci
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['gdr']
:slug: journee-probleme-poisson-2014
:authors: Loïc Gouarin
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......
:title: Méthodes multirésolution - Méthode de raffinement adaptatif de maillage
:date: 2009-06-26 14:50:44
:modified: 2009-06-26 14:50:44
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:category: journee
:tags: ['gdr']
:slug: journees-gdr-2009
:authors: Webmaster
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This diff is collapsed.
:title: 10 ans du Groupe Calcul : "Histoire du Calcul"
:date: 2012-12-17 08:33:42
:modified: 2012-12-17 08:33:42
:category: evt_tech
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:category: journee
:tags: ['gdr', 'réseau']
:slug: journees_histoire_2013
:place: Paris
:start_date: 2013-04-09
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:title: JCAD, Journées Calcul Données
:date: 2018-06-22 15:27:31
:modified: 2018-06-22 15:27:31
:category: evt_tech
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:category: journee
:tags: ['gdr']
:slug: journees_jcad_2018
:start_date: 2018-10-24
:end_date: 2018-10-26
......
:title: Journée Python et Data Science à Rennes
:date: 2017-10-02 16:15:03
:modified: 2017-10-02 16:15:03
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['réseau']
:slug: journees_pythondata_2017
:summary: Journée thématique autour du langage Python et de ses applications en Science des données.
:start_date: 2017-12-19
......
:title: Mini symposium "Recherche reproductible" - CANUM 2016
:date: 2016-05-25 17:00:26
:modified: 2016-05-25 17:00:26
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['gdr']
:slug: journee_rechrepro_2016
:begin_date: 2016-05-13
:start_date: 2016-05-13
:end_date: 2016-05-13
:place: Obernai
......
:title: Mini-symposium "Méthodes Multirésolutions", SMAI 2009
:date: 2009-06-08 10:00:34
:modified: 2009-06-08 10:00:34
:category: evt_sci
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['gdr']
:slug: mini-symposium-smai-2009
:authors: Webmaster
:summary: None
:start_date: 2009-05-25
:end_date: 2009-05-29
:place: La Colle sur Loup
Depuis quelques années, le besoin se fait sentir de réaliser la simulation numérique de problèmes multi-échelles de plus en plus complexes tant en terme de modélisation que de dynamique spatiale ou temporelle. La progression des des moyens informatiques au niveau local ou national permet d'aborder ces simulations avec une nouvelle génération d'ordinateurs alliant puissance de calcul et capacité mémoire. Simultanément l'innovation dans les méthodes numériques et les algorithmes doit permettre d'une part de simuler et comprendre la complexité des problèmes et d’autre part de tirer profit des avancées technologiques.
......
:title: ANF User Support Tools for HPC
:date: 2018-03-25 19:13:19
:modified: 2018-03-25 19:13:19
:category: formation
:tags: ['réseau']
:slug: anf_supporthpc_2018
:place: Fréjus
:start_date: 2018-05-14
:end_date: 2018-05-18
.. contents::
.. section:: Objectif
:class: description
L'objectif de cette formation, à destination des équipes en charge de l'administration et de l'exploitation de machines de calcul, est de faire le tour des technologies récentes en matière d'administration de machines de calcul intensif. Elle vise aussi à être un lieu d'échange d'expertises et de retour d'expérience entre des personnes qui doivent faire face à des problématiques communes.
`https://ust4hpc.sciencesconf.org/ <https://ust4hpc.sciencesconf.org/>`__
.. section:: Organisation
:class: orga
- Violaine Louvet
- Jean-Luc Hangouët
......@@ -2,8 +2,8 @@
:date: 2010-11-02 14:30:18
:start_date: 2010-12-06
:end_date: 2010-12-10
:category: evt_tech
:tags: ['rubrique']
:category: formation
:tags: ['réseau']
:slug: angd_python_2010
:place: Autrans, France
......
......@@ -3,8 +3,8 @@
:modified: 2018-12-04
:start_date: 2016-11-29
:end_date: 2016-12-01
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: formation
:tags: ['réseau']
:slug: atelier_c++_rennes_2016
:place: Rennes, France
:summary: Atelier sur les bases de la programmation C++11 et 14 à Rennes par Joel Falcou du 29/11/2016 au 01/12/2016.
......
:title: Atelier Python avancé pour le calcul scientifique
:date: 2017-05-09 23:19:45
:modified: 2017-05-09 23:19:45
:category: formation
:tags: ['article']
:slug: atelier_pythonavance_2017
:place: Paris
:start_date: 2017-07-04
:end_date: 2017-07-06
.. contents::
.. section:: Description
:class: description
Le langage Python est maintenant largement utilisé par la communauté scientifique et ce, dans de nombreux domaines. Un certain nombre de packages sont disponibles (NumPy, SciPy, ...) et permettent de réaliser rapidement des prototypes validant des algorithmes de calcul. Mais qu'en est-il du passage à l'échelle ? C'est-à-dire lorsque l'on a validé notre algorithme et que l'on veut maintenant s'en servir sur des millions voire des milliards d'inconnues. Est-ce que le seul usage de NumPy et de Scipy est suffisant ? Bien souvent, la réponse est non. Il est alors nécessaire de s’appuyer sur d’autres outils permettant de passer à des langages proches de la machines en conservant une certaine abstraction. Ces outils sont aujourd'hui nombreux.
Nous avons décidé lors de cet atelier de vous en présenter trois: Cython qui permet d’avoir un grain fin sur les optimisations; Pythran et Numba qui permettent, à moindre coût, d’avoir de bonnes performances.
Cet atelier est un niveau avancé et s’adresse à des personnes ayant déjà une bonne compréhension de NumPy (stockage mémoire, manipulation des tableaux, …).
.. section:: Programme
:fluid-class: programme
.. schedule::
.. day:: 04-07-2017
.. event:: Cython
:speaker: Xavier Juvigny (ONERA)
:begin: 9:00
:end: 17:30
:support:
[Présentation](attachments/spip/IMG/pdf/cythontalk.pdf)
[Exercices](attachments/spip/IMG/zip/mandelbrot-2.zip)
Cython est une extension du langage Python permettant soit d'optimiser des parties d'un module ou un script python soit de faciliter l'interfaçage d'une bibliothèque C ou C++ avec Python.
Utilisé comme optimiseur, Cython permet avec peu d'efforts de générer des modules Python écrits en C dont les performances sont proches d'un code écrit en pure C. Des modules sont proposés avec Cython permettant d'interfacer facilement un script Cython avec divers modules python tel que numpy. De même, Cython propose des scripts permettant de facilement faire appel à des fonctions ou des objets des bibliothèques standards C et C++ ( stdio, std::vector, etc. ). Il est également possible de relâcher le GIL à l'intérieur d'un script Python pour profiter du multithreading via les threads C ou OpenMP.
Utilisé comme langage d'interface avec le C ou le C++, Cython propose divers mécanisme permettant de gérer les fonctions ( passage par pointeur ou valeurs ) ou les structures C, ainsi que les classes C++, les fonctions et les classes templates mais aussi les passages par références, etc. Tout cela demande d'organiser son module d'une façon propre et rigoureuse, ce qui sera également vu dans cette formation.
Enfin, des exercices seront proposés sur un code de traitement de l'image écrit en pure Python utilisant numpy et scipy, montrant la puissance de Cython pour optimiser un code Python et la facilité d'interfacer une petite bibliothèque C avec Cython.
.. day:: 05-07-2017
.. event:: Pythran
:speaker: Serge Guelton (Quarkslab)
:begin: 9:00
:end: 17:30
:support:
[Profiling](http://serge-sans-paille.github.io/talks/perf_py/profiling.pdf)
[Pythran](http://serge-sans-paille.github.io/talks/calcul-2017-07-04.html)
Pythran est un compilateur pour un DSL embarqué dans Python, spécialisé pour le calcul scientifique, qui se veut le moins intrusif possible sur la base de code existante.
Inutile de préciser le type de chaque variable ou de réécrire les appels aux fonctions numpy à la main (même si cela reste possible) : idéalement, une fois un noyau de calcul identifié, celui-ci est isolé dans un module, un unique commentaire de type est ajouté et Pythran est capable de le traduire en un code natif, qui n'utilise plus la libpython pour faire un calcul équivalent. Et qui relâche le GIL si le code a besoin d'être appelé dans un contexte multi-threadé.
Le code python d'origine est toujours interprétable, ce qui permet de prototyper son application en pure Python, et d'accélerer les fonctions gourmandes en ressources CPU une fois le prototype validé, sans étape de conversion coûteuse en temps de développement.
Cette promesse sera vérifiée sur plusieurs cas pratiques après une introduction rapide aux différents concepts nécessaires à une bonne utilisation de pythran.
.. day:: 06-07-2017
.. event:: Numba
:speaker: Loic Gouarin (LMO/CNRS)
:begin: 9:00
:end: 17:30
:support:
[Présentation](https://github.com/gouarin/cours_numba_2017)
[TPs](https://github.com/gouarin/formation_python2017)
Numba est un projet open source permettant d'optimiser vos codes numériques en faisant du Just In Time sans écrire une ligne de code en langages bas niveau (C, C++ ou Fortran). Il s'appuie sur LLVM pour analyser la fonction Python à améliorer. Son utilisation est simple puisqu'il faut juste ajouter un décorateur Python pour optimiser les fonctions qui consomment du temps dans notre application.Il est également possible de faire, comme Pythran le propose, du Ahead Of Time. Numba offre tout un tas d'options permettant de voir chaque étape de l'optimisation réalisée par LLVM permettant de comprendre un peu mieux le code généré.
Tout comme Pythran, il est possible de relâcher le GIL. Les boucles sont vectorisées par défaut lorsque c'est possible. Un des points forts de Numba est qu'il est également possible de générer des fonctions qui peuvent être appelées sur votre GPU soit en utilisant un décorateur, soit à un niveau plus fin en écrivant un kernel CUDA en Python.
Lors de cette présentation, nous vous donnerons de bonnes bases pour utiliser Numba en illustrant ses fonctionnalités par des exemples.
.. section:: Organisation
:class: orga
- Loic Gouarin (LMO)
- Serge Guelton (Quarkslab)
- Konrad Hinsen (CBM)
- Xavier Juvigny (ONERA)
- Marc Poinot (SAFRAN)
.. section:: Partenariat
:class: orga
..image::
attachments/spip/IMG/jpg/romeologo.jpg
Merci à  Arnaud Renard, Jean-Matthieu Etancelin et Fabien Berini !!
:title: Interopérabilité et pérennisation des données de la recherche : comment FAIR En pratique ?
:date: 2018-09-28 17:41:31
:modified: 2018-09-28 17:41:31
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['réseau']
:slug: data_fair
:authors: Anne Cadiou
:start_date: 2018-11-27
:end_date: 2018-11-27
:place: Paris
:summary: None
.. contents::
......
:title: Journée Évaluation de performance
:date: 2018-09-17 17:32:30
:modified: 2018-09-17 17:32:30
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['réseau']
:slug: journee_evalperf_2018
:place: Paris
:begin_date: 2018-10-08
:start_date: 2018-10-08
:end_date: 2018-10-08
.. contents::
......
:title: Campagnes de calcul reproductibles
:date: 2018-06-15 15:49:15
:modified: 2018-06-15 15:49:15
:category: evt_tech
:tags: ['article']
:category: journee
:tags: ['réseau']
:slug: journee_repro_2018
:begin_date: 2018-10-23
:start_date: 2018-10-23
:end_date: 2018-10-23
:place: Lyon
......
:title: Journée Runtime
:date: 2017-01-20 15:55:49
:modified: 2018-12-04 15:55:49
:category: journee
:tags: ['réseau']
:slug: journee_runtime_2017
:start_date: 2017-01-20
:end_date: 2017-01-20
:place: Paris
.. contents::
.. section:: Description
:class: description
Les architectures OpenPower et Many Integrated Cores (MIC) annoncées pour les systèmes HPC pre-exascale en 2018 ont d'ores et déjà fait leur apparition dans le paysage en 2016. L'utilisation efficace de ces architectures par les applications scientifiques comprend plusieurs défis à relever. Pour n'en citer que deux, une très grande scalabilité ainsi qu'un déploiement sur une architecture hétérogène sont indispensables.
L'emploi d'un modèle de programmation par tâches couplé à un système "runtime" dans les applications scientifiques permet-il de relever ces défis ? Ceux qui ont tenté l'expérience, ont-ils été couronnés de succès ? Voici deux questions auxquelles cette journée tente de répondre en permettant de faire le point ou de découvrir ces modèles de programmation émergents.
La journée aura lieu le 20 janvier 2017 au centre de recherche Inria de Paris (12ème arrondissement de Paris au 2 rue Simone Iff) salle JL Lions 1 au RDC du bâtiment C.
.. section:: Programme
:fluid-class: programme
.. schedule::
.. day:: 20-01-2017
.. break_event:: Accueil
:begin: 09:00
:end: 09:30
.. event:: Task-Based Parallel Programming for HPC
:begin: 09:30
:end: 10:30
:speaker: Olivier Aumage (Inria équipe-projet STORM)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/tasks_programming_and_starpu.pdf
Multicore processors, manycores accelerators and GPUs stress the ability of HPC applications to adapt, to a large, diverse set of possible hardware ressources. Task-based parallel programming models, introduced more than two decades ago, are becoming increasingly popular, due to their capacity of adaptiveness, and their suitability to be driven by many kinds of scheduling policies. This talk will provide a general introduction to task-based parallel programming, and discuss the properties of task programming models in the context of HPC.
.. event:: StarPU: Un support d'exécution unifié pour les architectures hétérogènes
:begin: 10:30
:end: 11:30
:speaker: Olivier Aumage (Inria équipe-projet STORM)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/tasks_programming_and_starpu.pdf
La complexité et l'hétérogénéité croissantes des plateformes de calcul intensif nécessitent un effort d'adaptation continuel des applications scientifiques afin de les exploiter. La proportion de code applicatif dédiée à la gestion des calculs augmente de concert. L'équipe STORM (Inria - LaBRI, Bordeaux) développe le support d'exécution StarPU afin de répondre à cette problématique. StarPU propose un modèle de programmation unifié à base de flot de tâches séquentiel, et un moteur d'exécution parallèle associé permettant de piloter le code applicatif sur des plateformes hétérogènes.
.. event:: Improving an OpenMP runtime using XKaapi
:begin: 11:30
:end: 12:30
:speaker: Thierry Gautier (Inria)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/kaapi_libkomp.pdf
Recently, Jack Dongarra saids "...it is widely agreed that math libraries should, wherever possible, embrace event-driven and message-driven execution models, in which work is abstracted in the form of asynchronous tasks, whose completion can trigger additional computation tasks and data movements". The purpose of this talk is to give an overview of the roles a runtime should play in the context of HPC application. We focus on the XKaapi runtime and how it manages DAG scheduling: the tasks’ creations and theirs dependencies, the way it schedules them by work stealing. XKaapi is a runtime able to schedule OpenMP programs on top of multicore and manycore architecture. Previous works has also show good support to heterogeneous multi-CPUs-multi-GPUs architecture. We detail an original application of the "work first principle” from Cilk to report overhead in task's creations to the critical path; and how to reduce remote memory accesses during steal operation by using a steal request combining algorithm. Performances on various applications accross the past years illustrates the presentation.
Almost all key features in XKaapi are integrated in a modified Intel OpenMP runtime library.
.. break_event:: Repas
:begin: 12:30
:end: 14:00
.. event:: Implémentation du moteur exécutif KAAPI pour le parallélisme à mémoire partagée avec équilibrage par vol de travail dans le programme de simulation en dynamique rapide EUROPLEXUS
:begin: 14:00
:end: 14:30
:speaker: Vincent Faucher (CEA Cadarache)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/Journée runtime EPX 20-01-2017 - Faucher_v0.pdf
Sur la base d'une collaboration CEA-INRIA née du projet ANR REPDYN (2010-2013) dédié au passage à l'échelle des méthodes numériques en dynamique rapide avec interaction fluide-structure, le recours au moteur exécutif KAAPI a été implémenté dans le programme EUROPLEXUS (http://www-epx.cea.fr) pour améliorer l'ordonnancement des tâches et optimiser l'extensibilité à mémoire partagée pour des modèles faisant intervenir classiquement des entités différentes au niveau du fluide et de la structure, avec des coûts de traitement très hétérogènes pris en compte par vol de travail.
L'architecture cible correspond aux clusters de type pétaflopique, tel CURIE au TGCC, composés d'un agrégat de nœuds multi-cœurs, pour lesquels une approche hybride MPI/KAAPI est mise en œuvre. Des travaux de recherche (thèse entre 2013 et 2016) ont tenté d'intégrer une gestion multi-niveaux dans l'ordonnancement proposé par KAAPI pour coller à la structure interne des nœuds courants (multi-processeurs avec cache privé par processeur), avec des résultats encore à consolider.
.. event:: Task based parallelization of recursive linear algebra routines using Kaapi
:begin: 14:30
:end: 15:00
:speaker: Clément Pernet (IMAG)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/runtime_pernet.pdf
We will report on our experience in the development of the parallel code of FFLAS-FFPACK, a library for dense linear algebra over a finite field.
The set of routines is similar to that of the numerical BLAS and LAPACK, working over exact arithmetic involves two main differences: the use of recursive algorithms to harness sub-cubic time matrix multiplication, and specific pivoting strategies handling rank deficiencies. The parallelization is therefore based on recursive tasks with dataflow dependencies. We will explain how this parallelization has been made effective and present comparison showing the strong benefit provided by KAAPI when dealing with numerous recursive tasks. This application also reveals several features that are currently not available in any runtime, such as the resolution of data dependencies through recursive call trees, which form a wish list for future developments of such runtimes.
.. event:: QR mumps: a runtime-based Sequential Task Flow parallel solver
:begin: 15:00
:end: 15:30
:speaker: Alfredo Buttari (CNRS-IRIT)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/journee_runtimes_2017_alfredo_buttari.pdf
QR mumps is a parallel, direct solver for sparse linear systems based on the multifrontal QR factorization. Parallelism is achieved using a Sequential Task Flow (STF) based model on top of the StarPU runtime system. In this talk we will show how STF parallelism can be applied to a sparse, direct solver and how the use of a modern runtime system allows for the portable and efficient implementation of complex algorithms that can improve its performance and scalability as well as its memory consumption.
.. break_event:: Pause
:begin: 15:30
:end: 16:00
.. event:: Evaluation d'une approche parallèle à base de tâches dans le solveur CFD Aghora pour des architectures hétérogènes
:begin: 16:00
:end: 16:30
:speaker: Emeric Martin (ONERA)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/Journée_Runtime_E.Martin.pdf
L'Onera développe le code de calcul Aghora basé sur une discrétisation spatiale de type Galerkin discontinu pour la simulation numérique des écoulements compressibles turbulents en aérodynamique interne ou externe. Afin d'exploiter efficacement toute la puissance de calcul offerte par les plateformes modernes, une nouvelle approche parallèle à base de tâches a été introduite dans Aghora et repose sur la bibliothèque runtime StarPU. Tout d'abord, nous présenterons l'étape de restructuration du code indispensable à l'expression de ce formalisme de tâches. Ensuite, nous illustrerons l'influence sur la performance de la granularité des tâches et des politiques d'ordonnancement. Les comparaisons avec une approche classique MPI se feront sur un noeud composé de processeurs multi-core Intel et de co-processeurs many-core Intel Xeon Phi sur un cas représentatif d'écoulements turbulents compressibles.
.. event:: HPX - Vers un runtime parallèle pour C++
:begin: 16:30
:end: 17:00
:speaker: Joël Falcou (LRI)
:support: attachments/spip/Documents/Journees/janv2017/parallelism_in_cpp_sc15.pdf
Les besoins en termes de support de haut niveau pour le parallélisme dans des langages comme C++ sont devenus criants durant les 5 dernières années.
HPX, développé par le Stellar Group de la Louisiana State University, se propose de répondre à ce besoin en se basant sur des choix techniques innovants mettant en avant la simplicité d'utilisation, la prépondérance des calculs asynchrones et l'interopérabilité avec le standard C++.
Dans cette présentation, nous parcourrons les problèmes que HPX veut résoudre, les choix techniques effectués et quelques exemples applicatifs.
.. section:: Organisation
:class: orga
- Loic Gouarin (CNRS & Laboratoire de Mathématiques d'Orsay)
- Matthieu Haefele (CNRS & Maison de la Simulation)
- Michel Kern (Inria & Maison de la Simulation)
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