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parent 4cb0acdd
:title: ANF "R pour le calcul" : R avancé et performances
:date: 2015-04-30
:category: formation
:tags: R
:slug: r-avance-et-performances
:authors: Vincent Miele
:start_date: 2015-10-04
:end_date: 2015-10-09
:place: Aussois
.. contents::
.. section:: Description
:class: description
Nous proposons un enseignement de connaissances indispensables à la maîtrise
du fonctionnement de R, pour favoriser son utilisation au plus près de la
performance machine. Les participant/e/s seront sensibilisé/e/s aux bonnes
pratiques de développement de codes et de packages en R. A l’issue de l'ANF,
les participant/e/s seront capables d'associer la souplesse et l'exhaustivité
méthodologique de R à des garanties de performances calculatoires.
Cette ANF aura eu lieu du dimanche 04 octobre au vendredi 09 octobre au
`centre Paul Langevin à Aussois <http://www.caes.cnrs.fr/vacances/nos-villages/centre-paul-langevin>`_.
Cette ANF s'adresse aux développeurs R non débutants. Elle est gratuite
(inscription+hébergement/repas) et ouverte aux personnels (statutaires, doctorant/e/s ou CDD)
- du CNRS
- universitaires des UMR CNRS
- de l'INRA
- de l'INSERM (pour les autres EPIC, nous contacter) }}
Les sessions seront réalisées en français. Chaque participant/e devra
disposer d'un ordinateur portable (de préférence sous Linux ou MacOSX),
avec une version récente de R (>3.0).
.. section:: Programme
:class: programme
.. schedule::
.. day:: 05-10-2019
.. event:: Présentation + lancement du bookcrossing
:begin: 09:00
:end: 10:30
.. event:: Introduction aux langages, architecture des machines et au calcul
:begin: 11:00
:end: 12:30
:speaker: Violaine Louvet
:support: attachments/spip/IMG/pdf/cours2.pdf
.. event:: R avancé (partie 1),
:begin: 14:00
:end: 17:30
:speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
:support: attachments/spip/IMG/pdf/aussois-r-avance-1.pdf
.. day:: 06-10-2019
.. event:: R, histoire et écosystème
:begin: 09:00
:end: 11:00
:speaker: Martyn Plummer (IARC, R core group)
:support: attachments/spip/IMG/pdf/r-history-ecology.pdf
.. event:: Calcul parallèle avec R (partie 1)
:begin: 11:30
:end: 12:30
:speaker: Vincent Miele (LBBE)
:support: attachments/spip/IMG/pdf/tutoriel-parallel-miele.pdf
.. event:: Calcul parallèle avec R (partie 2)
:begin: 14:00
:end: 16:00
:speaker: Vincent Miele (LBBE)
:support: attachments/spip/IMG/pdf/tp-parallel-miele.pdf
.. event:: Debogage de code R
:begin: 16:30
:end: 17:30
:speaker: Vincent Miele (LBBE)
:support:
attachments/spip/IMG/zip/hclustdemo-3.zip
attachments/spip/IMG/gz/hclustdemo_0.0.tar.gz
attachments/spip/IMG/pdf/tutoriel-debgprof.pdf
attachments/spip/IMG/pdf/tp-debgprof.pdf
.. day:: 07-10-2019
.. event:: Systèmes de gestion de version
:begin: 09:00
:end: 09:15
:speaker: Florent Langrognet (LMB)
:support:
https://lmb.univ-fcomte.fr/IMG/pdf/f_langrognet_systemes_gestion_version_2015_09.pdf
https://lmb.univ-fcomte.fr/IMG/pdf/f_langrognet_svn_2015_09.pdf
https://lmb.univ-fcomte.fr/IMG/pdf/f_langrognet_git-2015_09.pdf
.. event:: Appel aux langages compilés / Rcpp
:begin: 09:15
:end: 12:30
:speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
:support: attachments/spip/IMG/pdf/rcpp.pdf
.. event:: Profilage de code R
:begin: 14:00
:end: 16:00
:speaker: Vincent Miele (LBBE)
.. day:: 08-10-2019
.. event:: R avancé (partie 2)
:begin: 09:00
:end: 12:30
:speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
:support:
attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-partie-2.pdf
attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-environnements.pdf
attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-prog_fonctionnelle.pdf
.. event:: Développement de packages R
:begin: 14:00
:end: 17:30
:speaker: Aurélie Siberchicot (LBBE)
:support:
attachments/spip/IMG/pdf/rpackages_anfrcalcul_102015.pdf
attachments/spip/IMG/zip/packagesr.zip
.. day:: 09-10-2019
.. event:: Visualisation de données
:begin: 08:30
:end: 11:30
:speaker: Eric Matzner-Lober (Université de Rennes)
:support:
attachments/spip/IMG/pdf/presentationggplot.pdf
attachments/spip/IMG/zip/presentationggplot.rmd.zip
attachments/spip/IMG/pdf/visualisation1.pdf
attachments/spip/IMG/pdf/visualisation2.pdf
.. section:: Comité d'organisation et de programme
:class: orga
- `Florent Langrognet <http://lmb.univ-fcomte.fr/Florent-Langrognet>`_
- `Violaine Louvet <http://math.univ-lyon1.fr/~louvet/>`_
- `Vincent Miele <http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Miele-Vincent-.html>`_
- `Aurélie Siberchicot <https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Siberchicot-Aurelie-.html>`_
.. section:: Partenaires
:class: orga
- `CNRS <hhtp://www.cnrs.fr>`__
- `INRA <http://www6.inra.fr/pepi>`__
- `GdR BIM <http://www.gdr-bim.cnrs.fr/>`__
- `GdR EcoStat <https://sites.google.com/site/gdrecostat/>`__
- `GdR Stat&Santé <http://gdr.statsante.fr/>`__
- `Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive <http://lbbe.univ-lyon1.fr>`__
- `Laboratoire Mathématiques Besançon <https://lmb.univ-fcomte.fr>`__
- `SFdS <http://www.sfds.asso.fr>`__
- `SMAI <http://smai.emath.fr>`__
- `Pepi INRA IBIS <https://www6.inra.fr/pepi/Ingenierie-Bio-Informatique-et-Statistique-pour-les-donnees-haut-debit-IBIS>`__
- `LyonCalcul <http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr/>`__
- `RLyon <http://www.meetup.com/R-Lyon/>`__
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