2015-04-r-avance-performances.rst 5.82 KB
Newer Older
Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
1
2
3
ANF "R pour le calcul" : R avancé et performances
#################################################

4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
:date: 2015-04-30
:category: formation
:tags: R
:authors: Vincent Miele
:start_date: 2015-10-04
:end_date: 2015-10-09
:place: Aussois

.. contents::

.. section:: Description
  :class: description

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
17
18
19
  Nous proposons un enseignement de connaissances indispensables à la maîtrise
  du fonctionnement de R, pour favoriser son utilisation au plus près de la
  performance machine. Les participant/e/s seront sensibilisé/e/s aux bonnes
20
21
22
23
  pratiques de développement de codes et de packages en R.  A l’issue de l'ANF,
  les participant/e/s seront capables d'associer la souplesse et l'exhaustivité
  méthodologique de R à des garanties de performances calculatoires.

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
24
  Cette ANF aura eu lieu du dimanche 04 octobre au vendredi 09 octobre au
25
  centre Paul Langevin à Aussois.
26

27
  .. figure:: attachments/spip/IMG/png/aussois.png
Matthieu Haefele's avatar
Matthieu Haefele committed
28
     :alt: Photo du groupe de participants à Aussois
29
     :width: 850 px
Mathieu Haefele's avatar
Mathieu Haefele committed
30
31
32
     :scale: 100 %
     :align: center

33

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
34
  Cette ANF s'adresse aux développeurs R non débutants.  Elle est gratuite
35
36
37
38
39
40
41
  (inscription+hébergement/repas) et ouverte aux personnels (statutaires, doctorant/e/s ou CDD)

    - du CNRS
    - universitaires des UMR CNRS
    - de l'INRA
    - de l'INSERM (pour les autres EPIC, nous contacter) }}

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
42
43
  Les sessions seront réalisées en français. Chaque participant/e devra
  disposer d'un ordinateur portable (de préférence sous Linux ou MacOSX),
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
  avec une version récente de R (>3.0).

.. section:: Programme
  :class: programme

  .. schedule::

    .. day:: 05-10-2019

      .. event:: Présentation + lancement du bookcrossing
        :begin: 09:00
        :end: 10:30

      .. event:: Introduction aux langages, architecture des machines et au calcul
        :begin: 11:00
        :end: 12:30
        :speaker: Violaine Louvet
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/cours2.pdf

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
63
      .. event:: R avancé (partie 1),
64
65
        :begin: 14:00
        :end: 17:30
Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
66
        :speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
67
68
69
70
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/aussois-r-avance-1.pdf

    .. day:: 06-10-2019

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
71
      .. event:: R, histoire et écosystème
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
        :begin: 09:00
        :end: 11:00
        :speaker: Martyn Plummer (IARC, R core group)
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/r-history-ecology.pdf

      .. event:: Calcul parallèle avec R (partie 1)
        :begin: 11:30
        :end: 12:30
        :speaker: Vincent Miele (LBBE)
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/tutoriel-parallel-miele.pdf

      .. event:: Calcul parallèle avec R (partie 2)
        :begin: 14:00
        :end: 16:00
        :speaker: Vincent Miele (LBBE)
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/tp-parallel-miele.pdf

      .. event:: Debogage de code R
        :begin: 16:30
        :end: 17:30
        :speaker: Vincent Miele (LBBE)
        :support:
          attachments/spip/IMG/zip/hclustdemo-3.zip
          attachments/spip/IMG/gz/hclustdemo_0.0.tar.gz
          attachments/spip/IMG/pdf/tutoriel-debgprof.pdf
          attachments/spip/IMG/pdf/tp-debgprof.pdf

    .. day:: 07-10-2019

      .. event:: Systèmes de gestion de version
        :begin: 09:00
        :end: 09:15
        :speaker: Florent Langrognet (LMB)

      .. event:: Appel aux langages compilés / Rcpp
        :begin: 09:15
        :end: 12:30
        :speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
        :support: attachments/spip/IMG/pdf/rcpp.pdf

      .. event:: Profilage de code R
        :begin: 14:00
        :end: 16:00
Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
115
        :speaker: Vincent Miele (LBBE)
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151

    .. day:: 08-10-2019

      .. event:: R avancé (partie 2)
        :begin: 09:00
        :end: 12:30
        :speaker: Romain François (r-enthusiasts.com)
        :support:
          attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-partie-2.pdf
          attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-environnements.pdf
          attachments/spip/IMG/pdf/r-avance-prog_fonctionnelle.pdf

      .. event:: Développement de packages R
        :begin: 14:00
        :end: 17:30
        :speaker: Aurélie Siberchicot (LBBE)
        :support:
          attachments/spip/IMG/pdf/rpackages_anfrcalcul_102015.pdf
          attachments/spip/IMG/zip/packagesr.zip

    .. day:: 09-10-2019

      .. event:: Visualisation de données
        :begin: 08:30
        :end: 11:30
        :speaker: Eric Matzner-Lober (Université de Rennes)
        :support:
          attachments/spip/IMG/pdf/presentationggplot.pdf
          attachments/spip/IMG/zip/presentationggplot.rmd.zip
          attachments/spip/IMG/pdf/visualisation1.pdf
          attachments/spip/IMG/pdf/visualisation2.pdf


.. section:: Comité d'organisation et de programme
  :class: orga

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
152
    - `Florent Langrognet  <http://lmb.univ-fcomte.fr/Florent-Langrognet>`_
153
    - Violaine Louvet
Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
154
    - `Vincent Miele <http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Miele-Vincent-.html>`_
155
156
157
158
159
    - `Aurélie Siberchicot  <https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Siberchicot-Aurelie-.html>`_

.. section:: Partenaires
  :class: orga

Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
160
161
    - `CNRS  <hhtp://www.cnrs.fr>`__
    - `INRA  <http://www6.inra.fr/pepi>`__
162
    - GdR BIM
163
    - `GdR EcoStat  <https://sites.google.com/site/gdrecostat/>`__
164
    - GdR Stat&Santé
165
166
    - `Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive  <http://lbbe.univ-lyon1.fr>`__
    - `Laboratoire Mathématiques Besançon  <https://lmb.univ-fcomte.fr>`__
Matthieu Boileau's avatar
Matthieu Boileau committed
167
    - `SFdS  <http://www.sfds.asso.fr>`__
168
169
170
171
    - `SMAI  <http://smai.emath.fr>`__
    - `Pepi INRA IBIS  <https://www6.inra.fr/pepi/Ingenierie-Bio-Informatique-et-Statistique-pour-les-donnees-haut-debit-IBIS>`__
    - `LyonCalcul  <http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr/>`__
    - `RLyon  <http://www.meetup.com/R-Lyon/>`__
172
173

    .. image:: attachments/spip/IMG/png/gdr-bim-logo-small.png
Matthieu Haefele's avatar
Matthieu Haefele committed
174
       :alt: Logo GdR BIM
175
    .. image:: attachments/spip/IMG/jpg/sfds_logo_small.jpg
Matthieu Haefele's avatar
Matthieu Haefele committed
176
       :alt: Logo SFDS
177
    .. image:: attachments/spip/IMG/jpg/smai_small.jpg
Matthieu Haefele's avatar
Matthieu Haefele committed
178
       :alt: Logo Smai