cluster-doc issueshttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues2019-09-09T16:23:20Zhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/22Configuration miniconda2019-09-09T16:23:20ZLaura MendozaConfiguration minicondaIf someone is using ``conda`` to manage ``python`` packages, then:
``module load miniconda/3``
won't work out of the box. You will have permission errors, as the default PATH for installation is ``environment location: /data/software/i...If someone is using ``conda`` to manage ``python`` packages, then:
``module load miniconda/3``
won't work out of the box. You will have permission errors, as the default PATH for installation is ``environment location: /data/software/install/miniconda3/envs/yourenv``
My solution is to create a ``.condarc`` in my home directory :
```
envs_dirs:
- /home/u2/mendoza/.conda/envs
pkgs_dirs:
- /home/u2/mendoza/.conda/pkgs
```
But this is can probably be solved from the root levelhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/7Erreur de compilation avec boost2017-09-13T08:15:13ZRomain HildErreur de compilation avec boostEn utilisant boost/1.61/gcc-6.1.0, j'ai l'erreur de compilation suivante:
```
In file included from /usr/include/boost/serialization/extended_type_info_typeid.hpp:32:
/data/software/install/boost/1.61/gcc-6.1.0/openmpi-1.10.2/include/boo...En utilisant boost/1.61/gcc-6.1.0, j'ai l'erreur de compilation suivante:
```
In file included from /usr/include/boost/serialization/extended_type_info_typeid.hpp:32:
/data/software/install/boost/1.61/gcc-6.1.0/openmpi-1.10.2/include/boost/serialization/singleton.hpp:90:5: error: unknown type name 'BOOST_SERIALIZATION_DECL'
BOOST_SERIALIZATION_DECL static void lock();
^
```
En faisant un grep sur `BOOST_SERIALIZATION_DECL` dans /data/softwares/install/boost/1.61/gcc-5.3.0 je trouve des déclarations qui ne sont pas présente dans le répertoire gcc-6.1.0. Ces déclarations se trouve dans le fichier `/data/software/install/boost/1.61/gcc-5.3.0/openmpi-1.10.2/include/boost/serialization/config.hpp`
Est-ce que c'est possible que la remise en place de /data ne soit pas encore complète et qu'il faut que j'attende encore ?
Ou est-ce que c'est autre chose ?https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/32installer sagemath 10.3 svp2024-03-26T07:37:44ZFrédéric Chapotoninstaller sagemath 10.3 svpAussi bien sur `gaya` et autres serveurs de calcul que comme noyau pour `jupyterlab.math.unistra.fr`
merci.Aussi bien sur `gaya` et autres serveurs de calcul que comme noyau pour `jupyterlab.math.unistra.fr`
merci.https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/31installer sage 10.1 partout2023-10-03T09:46:32ZFrédéric Chapotoninstaller sage 10.1 partoutSalut,
il est temps svp d'installer une version plus à jour de sage sur gaya. La version 10.1 est sortie recemment.
Ca interesse notamment Pierre Guillot.
FredericSalut,
il est temps svp d'installer une version plus à jour de sage sur gaya. La version 10.1 est sortie recemment.
Ca interesse notamment Pierre Guillot.
FredericMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/30installer sage 9.62022-05-19T07:30:16ZFrédéric Chapotoninstaller sage 9.6Mettre à jour sage vers la version 9.6, SVP. Pas urgent mais moins de bugsMettre à jour sage vers la version 9.6, SVP. Pas urgent mais moins de bugshttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/29python3-distutils ?2021-06-22T09:53:00ZFrédéric Chapotonpython3-distutils ?Salut,
est-ce qu'on pourrait SVP installer le paquetage "python3-distutils" ?
Ca pourrait m'etre utile pour arriver à compiler la derniere beta de sage sur atlas.
FredericSalut,
est-ce qu'on pourrait SVP installer le paquetage "python3-distutils" ?
Ca pourrait m'etre utile pour arriver à compiler la derniere beta de sage sur atlas.
FredericMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/28package dot2tex pour sage SVP2021-06-02T16:19:49ZFrédéric Chapotonpackage dot2tex pour sage SVPon aurait besoin sur atlas du package dot2tex pour sage
à installer via "sage -i dot2tex"
merci
Fredericon aurait besoin sur atlas du package dot2tex pour sage
à installer via "sage -i dot2tex"
merci
FredericMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/27ATLAS4 Down2021-03-11T10:32:52ZYannick StollATLAS4 DownThe ATLAS4 node seems down:
```
user@atlas:/data/scratch/user$ sinfo
PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST
public* up 2-00:00:00 1 mix atlas5
public* up 2-00:00:00 2 alloc atlas[1,6]
public* up 2-...The ATLAS4 node seems down:
```
user@atlas:/data/scratch/user$ sinfo
PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST
public* up 2-00:00:00 1 mix atlas5
public* up 2-00:00:00 2 alloc atlas[1,6]
public* up 2-00:00:00 2 idle atlas[2-3]
public* up 2-00:00:00 1 down atlas4
K80 up 2-00:00:00 1 down atlas4
nogpu up 2-00:00:00 1 mix atlas5
nogpu up 2-00:00:00 2 alloc atlas[1,6]
nogpu up 2-00:00:00 2 idle atlas[2-3]
```
```
user@atlas:/data/scratch/user$ scontrol show node atlas4
NodeName=atlas4 Arch=x86_64 CoresPerSocket=12
CPUAlloc=0 CPUErr=0 CPUTot=48 CPULoad=0.02 Features=intel,xeon,haswell,gpu,nvidia,K80
Gres=(null)
NodeAddr=atlas4 NodeHostName=atlas4 Version=15.08
OS=Linux RealMemory=1 AllocMem=0 FreeMem=247415 Sockets=2 Boards=1
State=DOWN ThreadsPerCore=2 TmpDisk=0 Weight=1 Owner=N/A
BootTime=2020-08-23T11:57:27 SlurmdStartTime=2020-08-23T11:58:02
CapWatts=n/a
CurrentWatts=0 LowestJoules=0 ConsumedJoules=0
ExtSensorsJoules=n/s ExtSensorsWatts=0 ExtSensorsTemp=n/s
Reason=Maintenance [boileau@2021-02-03T13:56:52]
```https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/26sagemath 9.32021-06-23T06:54:19ZFrédéric Chapotonsagemath 9.3Mettre à jour sage vers la version 9.3, SVP. Pas urgent mais moins de bugs.Mettre à jour sage vers la version 9.3, SVP. Pas urgent mais moins de bugs.Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/23Mise à jour Sage 9.02020-06-10T12:30:52ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMise à jour Sage 9.0Demande @chapoton
> tourne sour python3 par defaut, donc les fichiers de configurations peuvent etre un peu simplifies.Demande @chapoton
> tourne sour python3 par defaut, donc les fichiers de configurations peuvent etre un peu simplifies.Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/21clang et fortran (flang ?)2019-09-09T07:25:53ZFrédéric Chapotonclang et fortran (flang ?)(3) je voudrais essayer de compiler sage avec clang, mais j'ai peut-etre besoin de flang. Est-ce que clang fournit aussi automatiquement une version compatible de fortran ?(3) je voudrais essayer de compiler sage avec clang, mais j'ai peut-etre besoin de flang. Est-ce que clang fournit aussi automatiquement une version compatible de fortran ?https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/20charger des modules au demarrage avec modules.txt ?2019-09-09T07:43:52ZFrédéric Chapotoncharger des modules au demarrage avec modules.txt ?(1) est-ce que le fichier "modules.txt" est la bonne manière de charger des modules au démarrage ? J'ai l'impression que ca n'a aucun effet.(1) est-ce que le fichier "modules.txt" est la bonne manière de charger des modules au démarrage ? J'ai l'impression que ca n'a aucun effet.https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/19avec module load gcc/8.3.0, pas de socket gfortran ?2019-09-09T15:06:57ZFrédéric Chapotonavec module load gcc/8.3.0, pas de socket gfortran ?(2) j'ai chargé le module gcc/8.3.0 : ca me donne gcc et gfortran en version 8.3.0, MAIS sage me dit : libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory(2) j'ai chargé le module gcc/8.3.0 : ca me donne gcc et gfortran en version 8.3.0, MAIS sage me dit : libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directoryhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/18R : contrôle du nombre coeurs utilisés2019-03-04T16:18:34ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frR : contrôle du nombre coeurs utilisésPar défaut une opération d'algèbre linéaire utilise tous les coeurs disponibles sur le noeud (frontal ou calcul) avec une mauvaise efficacité.
Comment contrôler le nombre max de processus ?Par défaut une opération d'algèbre linéaire utilise tous les coeurs disponibles sur le noeud (frontal ou calcul) avec une mauvaise efficacité.
Comment contrôler le nombre max de processus ?Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/17mettre sage à jour vers 8.62019-10-08T06:52:16ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frmettre sage à jour vers 8.6Demande Frédéric Chapoton :
> La version installée date de janvier 2017.
> La dernière version disponible de sage est la 8.6, sortie il y a une semaine environ.
> Je suppose qu'il va falloir compiler, parce que les binaires disponibles ...Demande Frédéric Chapoton :
> La version installée date de janvier 2017.
> La dernière version disponible de sage est la 8.6, sortie il y a une semaine environ.
> Je suppose qu'il va falloir compiler, parce que les binaires disponibles ne doivent pas bien coller.
* [x] Installation Sage
* [x] Installation du kernel Jupyter
* [x] Annonce aux utilisateursMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/16Allow widgets for Jupyter notebooks2018-11-13T08:37:16ZFlorence DruiAllow widgets for Jupyter notebooksUsing the JupyterLab, it seems that widgets are not activated for jupyter notebooks...Using the JupyterLab, it seems that widgets are not activated for jupyter notebooks...https://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/15Install h5py2018-11-13T08:13:28ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frInstall h5pyAsked by @druiAsked by @druiMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/14Exécution anormalement lente sur les noeuds atlas2018-03-20T14:46:20ZMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frExécution anormalement lente sur les noeuds atlas@franck relève un problème de temps d'exécution sur (au moins) `atlas3` et `atlas4` avec Jorek (code MPI) depuis quelques jours.@franck relève un problème de temps d'exécution sur (au moins) `atlas3` et `atlas4` avec Jorek (code MPI) depuis quelques jours.Matthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/13performances numpy and FFTW2018-09-21T14:21:57ZAlix Deleportealix.deleporte@math.unistra.frperformances numpy and FFTWBonjour,
J'essaie de scaler du code python (python2.7 ou python3 de manière indifférenciée), qui utilise deux sortes de routines numpy
- la multiplication d'arrays "point par point" (ie l'array C[i,j]=A[i,j]B[i,j])
- la transformée de ...Bonjour,
J'essaie de scaler du code python (python2.7 ou python3 de manière indifférenciée), qui utilise deux sortes de routines numpy
- la multiplication d'arrays "point par point" (ie l'array C[i,j]=A[i,j]B[i,j])
- la transformée de Fourier discrète.
Sur ma machine, numpy est compilée contre OpenBlas, et ces taches se font en multiprocessing de manière transparente.
Sur le cluster, par contre, meme la fft n'utilise qu'un coeur.
Un autre paquet python qui fait de la fft en multiprocessing est FFTW. J'ai donc décidé de comparer les performances.
Voilà les temps de calcul pour la meme entrée, une array 2D d'environ 6.5M d'entrées complex64
```
numpy.fft.fft2: 1.631 secs.
scipy.fftpack.fft2: 1.161 secs.
pyfftw.interfaces.scipy_fftpack.fft2: 28.119 secs.
pyfftw.interfaces.numpy_fft.fft2: 28.808 secs.
pyfftw.FFTW: 28.128 secs.
pyfftw.builders: 27.078 secs.
```
J'observe les memes différences de performance en complex128.
Je peux monitorer l'exécution: numpy et scipy n'utilisent qu'un coeur. Les routines pyfftw utilisent plusieurs coeurs (j'ai laissé jusque 10 coeurs)... mais sont beaucoup plus lentes.
Pourquoi les routines numpy n'utilisent-elles qu'un coeur ?
Pourquoi pyfftw est-il si lent ?
Alixhttps://gitlab.math.unistra.fr/atlas/cluster-doc/-/issues/12Libriarie armadillo2018-07-20T13:34:33ZAlix Deleportealix.deleporte@math.unistra.frLibriarie armadilloBonjour,
J'utilise souvent la librairie armadillo sur ma propre machine : elle implémente en C++ les routines *PACK liées aux matrices sparse.
Serait-il envisageable d'installer cette librairie sur le cluster atlas ? J'ai des matrices ...Bonjour,
J'utilise souvent la librairie armadillo sur ma propre machine : elle implémente en C++ les routines *PACK liées aux matrices sparse.
Serait-il envisageable d'installer cette librairie sur le cluster atlas ? J'ai des matrices qui sont trop grosses pour la mémoire vive de ma machine...
http://arma.sourceforge.net/
A plus,
AlixMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.frMatthieu Boileaumatthieu.boileau@math.unistra.fr